世界遗产地定期监测是检查遗产地实施有效保护管理措施的重要手段，也是每个遗产地必须进行的日常工作，监测项目将收集各个时期的数据，对自然环境、景观、生物多样性和历史遗迹的保护提供指导。建立健全完善的监测网络系统并科学地开展监测工作，是武夷山保护文化和自然遗产诸多措施的一个重要方面。
一、监测总目标
建立遗产地有效的监测体系，为提高遗产地有效保护管理总体目标服务。
主要项目包括：
1、为保护管理提供依据，提高管理决策的科学性；
2、评估遗产地景观、生物多样保护和自然资源、自然环境及历史遗迹保护管理工作的成效。
3、记录遗产地各个时期的变化数据，为开展科研工作提供资料。
二、监测项目
景观资源监测
自然环境质量监测
植物资源与生态环境的监测
野生动物监测
社区监测
旅游监测
古建筑及古遗址监测
主要监测类型
常规监测：定时、定期对地表水质量、大气质量、污染源进行监测，以掌握科学管理的依据。
野生动物的监测：制作详细的监测图和监测计划；制定野生动物信息记录和编码体系。主要监测内容：选定种类及人为干扰的；MPRS/IKA监测方法；随机观察野生动物体系；固定点的调查和监测；野生动物的卡片档案系统。
对生境/植被的监测：定期对植被、植物区系及生境进行记录，监测生境和植被的动态变化。主要监测内容：重点保护物种的种群变化、植被类型的年度变化、生态环境的变化（自然的和人为的）；监测一些区域内的次生林恢复情况，建立永久性监测样带/样方。
对旅游的监测：不合理开发旅游在一定程度上会给自然和文化资源的保护、管理带来不良影响。监测的主要内容：对武夷山的旅游环境的评估，统计每年游客数；分析客源及旅游市场动态；分析旅游效益情况；对现有景点的设施的监测；旅游活动对动物、植物及生态环境、文化景观的影响的监测。
巡护监测：在武夷山开展巡护是预防、发现和消除火灾、病虫害、人为破坏等隐患，对自然资源和文化景观进行有效保护的重要措施之一。
对社区的监测：武夷山内及周边居民对保护自然资源和文化景观有着十分重要的影响。当地群众参与保护，武夷山才能得到有效的保护。监测内容主要有：社会经济状况、社会发展项目对武夷山资源保护的影响，保护意识的提高。
对古建筑及古遗址的监测：定期对古建筑、古遗址进行检查，掌握其变化情况。监测内容：周边环境（自然、人为）对古建筑、遗址的影响，监测对象现状的变化情况等。
监测的系统
科技成分含量高、工作量大的项目如野生动物、生境、植被、古建筑、古遗址等方面的监测与有关科研单位、大专院校签订合作协议，共同完成监测和研究工作。
对旅游、巡护、社区的监测由武夷山管理部门会同相关职能部门组织实施。
