到目前为止，大理州已建成各种类型、不同级别的自然保护区２９个，总面积达３０２.５８万亩，约占全州国土面积的７％，形成了布局较为合理、类型较为齐全的自然保护区体系。
大理州自然保护区主要包括森林、湿地、野生动物、野生植物、地质遗迹等类型。通过多年的努力，全洲共有各类自然保护区２９个。其中，归属林业部门管理的森林生态系统类型、野生动植物类型、湿地类型的保护区２１个，总面积２５１万亩。其中国家级自然保护区２个，省级自然保护区３个、州级自然保护区１６个，这些各类自然保护区，有效地保护了全州的自然生态系统、野生动物、高等植物种类和重要自然遗迹。
在开展自然保护区规划建设和管理工作中，大理州有关部门积极转变观念，强化服务，变过去的单纯管理为综合服务。林业部门通过开展鸟类环志、禽流感疫源疫病监测和湿地保护工作等，建立了野生动物肇事补偿制度；组织开展了云龙天池省级自然保护区和永平金光寺省级自然保护区申报国家级自然保护区、国家森林公园的评审工作；２００５年７月１日起，国家规定利用天然麝香入药要实行库存申报制和产品标识制度，州林业局积极为大理药业有限公司进行库存申报，取得了国家林业局的行政许可，领到几十万枚标识，解决了企业的燃眉之急。为了使该公司获得持续利用天然麝香生产“醒脑静注射液”的行政许可，还帮助企业积极选址及申报人工养殖林麝的项目审批。州林业部门还为大理州物资有限责任总公司申报获得２５吨松茸的出口资格。为保护利用大理州红豆杉资源，并将其培育成新的支柱产业，林业部门邀请国家和省林业主管部门对云龙县漕涧镇的云龙海嘉生物有限公司人工栽培红豆杉６００多亩原料林进行核查评估，积极为其申报提取紫杉醇的行政许可，为大理州人工栽培红豆杉、加工提取紫杉醇产业的发展开辟了新的途径。
自然保护区工作的有效开展，不仅在保护大理州陆地自然生态系统类型、天然湿地、天然林、野生动植物种群和高等植物群落，保存完好的天然植被方面发挥了积极的作用，而且在防风固沙、涵养水源、净化水质、保持水土、调节气候等方面发挥了重要的生态功能，为维护大理州的生态安全发挥着无可替代的作用。