到澎湖，有几个旅游重点，一个是海上活动、一个是人文史迹、一个是地质景观、一个是自然生态、一个是常规产业体验、一个是美食品尝，把握这些重点，澎湖就能玩得很深入，行程安排则以3天2夜最恰当。
澎湖总计拥有64座大小岛屿，以马公本岛为中心，行程安排可以第1天到达後就出海前往南部海域，也就是前往南海的七美、望安、猫屿等地，除了观赏地质景观与赏鸟外，也可选择住宿七美或望安，静静品味小岛风情；第2天则可以前往北部及东部，也就是所谓北海与东海间的各小岛，观赏地质景观与前往吉贝水上乐园戏水；第3天则可以留在本岛，细细品味本岛以及相连的渔翁岛风情，观赏各项人文史迹，并采购一些名特产。
澎湖南海拥有较多的自然生态景观，出海往南後，大约10几分钟就可到达桶盘、虎井屿，桶盘屿虎井屿以玄武岩景观着称，在这边可以看到相当着名的澎湖特有玄武岩地质，是相当难得的世界级景观。
继续往南可以到达猫屿。猫屿分为大、小猫屿，两座岛屿几乎相连，外型似趴伏的猫，船一靠近，除了同样可见精采的玄武岩景观外，更可看到盘旋於天空的数百、甚至数千只燕鸥，景象之壮观，让人叹为观止。
如果继续前往七美，则可见到着名的七美人冢、望夫石、大狮风景区、双心石沪与月世界等等特有景观，如果前往望安，则可前往绿--龟馆观赏绿--龟生态教育演示，了解绿--龟上岸产卵的有趣现象。
整个南海，比较偏重地质与自然生态，喜欢赏景屿接近自然的，适合前往南海。至於喜欢戏水的，则以北海较适宜。
北海最棒的旅游景点就是吉贝岛，吉贝岛拥有奇特的沙嘴景观，整个沙嘴就是一个大沙滩，除了布满贝壳沙与特别的星沙外，并拥有多样的水上活动设施，相当适合亲子或青年朋友在此戏水。此外，尚有险礁，以及许多无名，但却风景秀丽、拥有漂亮沙滩的无人小岛，也都相当适合戏水。
如果喜欢赏景，北海地区尚有目斗屿、小白沙屿、锭钩屿、鸡善屿、鸟屿、员贝屿等等岛屿，也都拥有相当特别的玄武岩地质景观，相当漂亮。
在马公本岛部分，则是适合进行人文史迹与美食之旅。马公本岛拥有400年历史的天后宫、300年树龄的通梁古榕、水族馆，由跨海大桥相连的渔翁岛，则拥有最特别的二崁古厝，整片的常规建筑，特别美不胜收。此外，尚有充满各种建筑惊奇的西台古堡、适合观赏落日的西屿灯塔等等。
在本岛，也可采购或品尝澎湖当地海鲜、花生、冬瓜糕、黑糖糕、鱿鱼丝、嘉宝瓜、哈密瓜，或是仙人掌冰淇淋等等美食。
澎湖的旅游玩法十分多样，不论单纯赏景、亲近自然生态、观赏地质景观或是人文史迹，样样都非常丰富，特别也可以前往夜钓小管，或是到海上平台钓乌贼，都是相当有趣的旅游经验，非常适合安排3天2夜的假期。
由於空难所引发的心理影响，澎湖当前旅游价格正大幅降价促销中，华航当前也正与澎湖县政府洽谈企划合作，现在到澎湖，一般3天2夜行程，包含机票、住宿与交通等等团体费用，大约只要3990元，自由行会贵一点，不过也比往年便宜一些，相当划算。
