像这样的泉水，在巴丹吉林沙漠湖泊中有多处。有的泉眼周围还分布着由碳酸钙晶体沉积而成的钙华，形成大小不一的岛屿，钙华形成原理类似于钟乳石，说明这里的泉眼流水可能数千年未断。许多湖中的岛屿上生长着茂盛的植物，有一处岛屿上居然有几十个泉眼同时向外喷水，喷出的水柱有的高达十几厘米，当地人称之“神泉岛”。
这些奇特的景象无不说明：巴丹吉林沙漠中有水，有很多的水。
“巴丹吉林沙漠肯定有一个强大的外来补给水源。”这是顾慰祖教授始终坚持的观点。他已是第15次进巴丹吉林沙漠了，对沙漠情有独钟的他说：巴丹吉林沙漠由东南向西北渐低，所以这股水源很可能来自横穿沙漠东南边缘的雅布赖山。至于具体来水在哪里，水流路径怎样，都需进一步研究。
关于巴丹吉林沙漠补给水的来源，彼得和顾慰祖的看法则完全不同。
彼得之前曾两次深入巴丹吉林，分别用氚和炭-14两种方法抽检测算了沙漠湖泊的水年龄。
前一种方法用于测算年龄低于60年的“新水”，后一种方法用于测算年龄超过万年的“古水”。测量结果显示，湖泊表层是新水，之下是古水，而且新水总量远远大于古水总量。彼得认为，巴丹吉林沙漠的补给水来源就是“新水+古水”，新水来自沙漠中的雨水和积雪，而且冬天积雪的补给效率远远高于夏天的雨水补给。古水则是形成于上千万年前的深层地下水。
彼得说，沙漠水的补给速度非常慢，如果新水补给速度是每平方公里每秒1滴到2滴，那么古水补给就是每平方公里每天1滴到2滴。对于“沙漠降水只及蒸发量百分之一，因而沙漠补给不可能来自降水”的说法，彼得认为，“每年5000毫米的蒸发量只是潜在蒸发量，实际蒸发量远远小于这个数字，在沙漠如果99%的降雨被蒸发，那么补给就来自剩下的1%。”至于这么微小的降水如何形成湖泊，他说，沙漠湖区是巴丹吉林沙漠海拔的最低点，水往低处流，积水成多，滴水成河。
中国地质调查局南京地调中心研究员叶念军也认为，巴丹吉林沙漠的补给水源是当地降水和古水，不过他认为古水补给远远大于降水补给。
