目前，神农家林区划分为东西两片，分开管理，西片为已经开发成熟的旅游风景区，主峰为神农顶，海拔3105米，一直有平稳的柏油公路开车而上，沿途主要景点有神农顶“飞云观瀑”、“板壁岩”、“野人博物馆”等等。门票60元/人。
东片下辖彩旗、木城两个保护站，为现在真正意义上的原始森林核心无人区，主峰老君顶，海拔2936米，次峰老君寨，海拔2780米，现被列为国家级自然保护区，为全封闭区，严禁一切人畜进山活动，进山必须凭相关科研考察介绍信及报批保护局同意方能准入。
东片老君山原始森林片区有很多穿越线路，今年五月份我随队穿越的路线为北京山水行的驴友所记的传统穿越线路：木鱼镇——小当阳村——彩旗村——阿尼陀佛——老君寨——原始森林——屁股坡——蚂蝗沟——黑水河——彩旗村。此线路由于穿越队伍人数众多，也是被广泛驴友们所说的传统意义上的穿越线路，已经可以明显分辨出一条踩踏形成的小路，第一天可以包车（80元/辆）沿盘山泥土石路经小当阳村、彩旗保护站直上阿尼陀佛后开始徒步，一直上行往东北方向约四-五小时可以徒步到老君寨露营，第二天从老君寨下行往东南方向经——原始森林——屁股坡——蚂蝗沟——黑水河两河口上——盘山公路返回彩旗村，约十小时能完成。第二天的路程也可以分开做两天来进行穿越，在蚂蝗沟露营，这样就比较轻松了。三天穿越时间，每天一个标准线路的量，可以留出充足的时间慢慢观赏风景。运动量虽不大，但户外活动的综合技能要求较高，特别是身体的平衡能力掌握不好的话，还是会有比较大的意外危险。过彩旗保护站时要检查相关进山许可证，无证将会被拒绝进山。
