卡瓦利泽布日多夫斯津的出现要归根于大地主克拉科•米科莱（尼古拉斯）•泽布日多夫斯基。公元1600年，泽布日多夫斯基下令在扎列克山上建造了一个耶稣受难教堂，该教堂是以耶路撒冷地区的戈尔戈塔教堂为原型建造的。1601年10月4日教堂的祝福仪式上，泽布日多夫斯基决定建立基督墓小礼拜堂，跟耶路撒冷地区的教堂类似。为了确保神圣的建筑群能够得到精心的照料，米科莱•泽布日多夫斯基亲自邀请圣芳济会的修道士之父和兄弟（在波兰称为伯纳多德伊尼）到卡瓦利泽布日多夫斯津。1602年后不久，米科莱•泽布日多夫斯基开始建造一个带有小教堂的修道院。由于与耶路撒冷有着相同之处，米科莱•泽布日多夫斯基于1604年就决定开放与耶路撒冷类似的朝圣地。在执行建造计划时，得到了建筑师乔瓦尼•伯纳多尼和保罗•博达恩（出生于比利时）的竭力帮助。于1609年，该修道院和教堂正式得以完工。而耶稣受难教堂和其他地方的小礼拜堂的建设（共24个），一直持续到1617年。
耶稣受难教堂的朝圣地几乎是刚刚获得提名，朝圣者就开始云集于此了，并且纷纷参加了耶路撒冷地区新举行的耶稣受难仪式，这项仪式是按照当地修道士指明的规矩进行的。
米科莱•泽布日多夫斯基于1620年逝世，此后，他的儿子约翰•泽布日多夫斯基继承先父未竟之业，继续进行教堂的建筑工作：扩建了耶稣受难教堂，并且建立了美丽的圣母陵墓教堂。为了表示对圣母的敬意，一个特殊的宣传队列沿着这些路径游行，因此又有9个新的礼拜堂得以建造。放置圣母肖像画的地方，后来被称为圣母卡瓦利教堂。修道士修行的教堂重新点燃了人们对圣母玛丽亚的崇拜和朝圣。1887年，人们为这幅画举行了隆重的加冕仪式。除了各种各样的朝圣者组成的朝圣队伍外，米科莱•泽布日多夫斯基也会定期（比如星期五或圣母升天日）来安排这项仪式。
朝圣者数目的增多和朝圣需求的增大，导致了修道院在1655/1656年间的扩展，以及修道院教堂在1692/1720年间的扩建。主教堂也扩建了两个新的礼拜堂，即康塞普申教堂和圣安东尼教堂，教堂本身的体积也增大了。显然，这样的大型建筑是需要不断进行修建和重新刷新的。
波兰国内外的朝圣者都来到了卡瓦利泽布日多夫斯津。据说，对卡瓦利泽布日多夫斯津主教教区和其他主教教区的人们是要举行特别仪式的。卡瓦利泽布日多夫斯津一直为特别突出的人们所参观：比如，皇室家族成员，奥地利皇帝，波兰主教和来自世界各地的主教等等。1979年，罗马教皇约翰保罗二世参观了卡瓦利。教堂专门为他举行了特别的仪式，这个仪式是罗马教皇从小就一直使用的。
如今，卡瓦利修道院还建立了一个高级神学院。
