纪念馆内设1个纪念厅和3个展览厅。纪念厅内安放着孔繁森同志大型汉白玉半身塑像，塑像后红色屏风上镌刻着汀泽民总书记的题词“向孔繁森同志学习”。展览共分6个部分，展出图片270余幅，陈列实物千余件，并配以专题录像片。第一部分“齐鲁赤子”，展示丁孔繁森在山东生活、工作，从一个普通农民的儿子成长为一名党的领导干部的光辉历程；第二部分“汗洒雪域”，展示了孔繁森两次赴藏工作10年间，为西藏的建设和繁荣，恪尽职守、忘我拼搏、开拓进取、求真务实的精神风貌；第三部分“情系高原”，展示了孔繁森热爱人民、月服务人民、为民解难、无私奉献的满腔热忱；第四部分“廉洁清正”，展示了孔繁森艰苦朴素、廉洁自律、一身正气、克己奉公的高贵品质；第五部分“深切怀念”，展示了孔繁森不幸殉职后，山东、西藏及全国各地群众深切悼念孔繁森的感人情景；第六部分“光耀神州”，展示了以江泽民为核心的党十央对孔繁森的高度评价，以及在党中央号召下，全国各地广泛开展学、宣传孔繁森活动的情况。
孔繁森同志纪念馆开馆几年来，始终把宣传孔繁森事迹，展示孔繁森同志的优秀品德和崇高精神，作为对广大干部、群众进行爱国主义、集体主义和社会主义思想教育的重要内容，为全党和全国人民广泛、深入、持久地开展向孔繁森同志学习，加强爱国丰义教育，促进廉政建设和民族团结提供了一个生动实际的课堂，充分发挥了教育基地的作用。据不完全统计，孔繁森同志纪念馆目前已接待来自全国20多个省市自治区的观众200余万人次，其中省部级干700余人，厅级干部1万余人，县级干部10万余人。全国巡展历时近两年，观众近千万。目前，孔繁森同志纪念馆已成“全国爱国主义教育示范基地”，“全国青少年教育基地”，“全国党元干部教育基地”，“全国民族团结进步教育基地”。
