佛顶山自然保护区中拥有植物1069种,列为国家珍稀、濒危重点保护植物的有16种,属国家一级保护植物有珙桐,二级植物鹅掌楸、香果树……三级保护植物有穗花杉、白辛树、天麻等。由于高大的山体、复杂的地形、保存较好的森林植被,为森林动物提供了丰富的食衫和栖息环境。自然保护区动物资源丰富,已鉴定命名的脊椎动物与昆虫有119科417种,国家重点保护野生动物32种,其中,一级重点保护动物1种,二级重点保护动物31种。国家一级重点保护野生动物豹,二级重点保护野生动物弥猴、穿山甲、大灵猫、小灵猫等。佛顶山自然保护区以森林山地景观为主体的旅游资源十分丰富,旅游景观类型多样,包括山地、河谷、森林植被、宗教文化、自然及人文景观类型,具有较高的旅游价值,是一处集科考探险与登高览胜的好去处。